DNA repair and Chromatin remodeling genes

Cell cycle regulated DNA repair genes

The table lists cell cycle regulated DNA repair genes sorted by pathway. Five transcriptome data sets, in which the genes that are periodically expressed in at least one data set, and one ribosomal profiling (translationally regulated) data set are included. Periodically expressed genes are indicated with cell cycle phase in which they show the highest expression level. Gene sets in which a given gene is not significantly cell cycle regulated is indicated as NR (not transcriptionally regulated in the cell cycle) or NTR (not translationally regulated in the cell cycle) in transcriptome and ribosomal profiling data sets, respectively. Four experiments are supplemented with expression profiles which can be found by clicking the gene name. Synchronization methods are abbreviated as: SS=serum starvation, TT= double thymidine block, NZ=nocodazole, MS=mitotic shake-off

Experiment	Bar-Joseph Z et al. (2008)	Mjelle et al. (2014)	Peña-Diaz J et al. (2013)	Peña-Diaz J et al. (2013)	Whitfield ML et al. (2002)	Stumpf et al. (2013)	Stumpf et al. (2013)
Cell type	Fibroblast	HeLa	HeLa	HaCaT	HeLa	HeLa	HeLa
Synchronization	SS	TT	NZ	TT	TT/NZ/MS	TT and NZ	TT and NZ
Method	Microarray	Microarray	Microarray	Microarray	Microarray	RNA-Seq	Ribosomal profiling
Base Excision Repair Pathway
APEX2	NR	G1/S	G1/S	NR	NR	S	NTR
APTX	NR	NR	M/G1	NR	NR	NR	NTR
CHAF1A	G1/S	NR	G1/S	G1/S	G1/S	NR	NTR
CHAF1B	G1/S	G1/S	G1/S	G1/S	G1/S	S	NTR
CSNK1D	NR	G1/S	NR	M/G1	NR	S	NTR
CSNK1E	NR	G2/M	S	NR	NR	NR	NTR
ERCC6L	S	G2	NR	G2	NR	NR	NTR
FEN1	G1/S	G1/S	S	G1/S	S	S	NTR
HMGB1	S	NR	NR	NR	NR	NR	NTR
HMGB2	S	NR	G2	G2	NR	S,G1 and M	NTR
LIG1	S	NR	S	NR	NR	S	NTR
LIG3	NR	NR	M/G1	NR	NR	G1	NTR
NEIL3	S	G2	NR	G2	NR	G1	NTR
NTHL1	NR	NR	G1/S	NR	NR	M	NTR
NUDT1	M/G1	NR	NR	NR	NR	S	NTR
PARP1	S	NR	NR	NR	NR	NR	NTR
PARP2	S	NR	G1/S	NR	NR	S	NTR
PARP4	M/G1	NR	NR	NR	NR	NR	G1/S
PCNA	S	NR	G1/S	G1/S	G1/S	S and M	NTR
POLD1	S	NR	S	NR	NR	NR	NTR
POLD3	S	S	G1/S	G1/S	G1/S	S	NTR
POLE	S	NR	NR	G1/S	NR	NR	NTR
POLE2	G1/S	G1/S	G1/S	G1/S	NR	NR	NTR
POLQ	S	G2	NR	NR	G2	NR	NTR
RECQL	NR	NR	NR	NR	NR	G1	G1, S and M
RPA1	S	S	NR	NR	NR	S	NTR
TDG	G1	NR	NR	M/G1	NR	G1	NTR
UNG	G1/S	G1/S	G1/S	G1/S	G1/S	S and M	G1
XRCC1	G2	NR	S	NR	NR	S	NTR
Mismatch Repair Pathway
CHAF1A	G1/S	NR	G1/S	G1/S	G1/S	NR	NTR
CHAF1B	G1/S	G1/S	G1/S	G1/S	G1/S	S	NTR
EXO1	G1/S	S	S	G1/S	S	S	NTR
HMGB1	S	NR	NR	NR	NR	NR	NTR
LIG1	S	NR	S	NR	NR	S	NTR
MLH1	S	NR	NR	NR	NR	NR	NTR
MSH2	G1/S	NR	NR	NR	G1/S	NR	S
MSH6	G1/S	G1/S	G1/S	G1/S	NR	NR	G1 and S
PCNA	S	NR	G1/S	G1/S	G1/S	S	NTR
PMS2	NR	NR	NR	NR	NR	NR	G1
POLD1	S	NR	S	NR	NR	NR	NTR
POLD3	S	S	G1/S	G1/S	G1/S	NR	NTR
RECQL	NR	NR	NR	NR	NR	G1	G1, S and M
RFC3	S	NR	NR	NR	NR	NR	NTR
RFC4	G1/S	G1/S	G1/S	G1/S	S	S	NTR
RFC5	G1/S	NR	G1/S	NR	NR	NR	NTR
RPA1	S	NR	NR	NR	NR	S	NTR
Fanconi Anemia Pathway
BLM	S	S	S	G1/S	NR	NR	NTR
BRCA1	S	S	S	NR	S	S	NTR
BRCA2	G2	NR	NR	NR	NR	NR	NTR
BRIP1	G1/S	NR	NR	NR	NR	NR	NTR
C17orf70	NR	G1/S	NR	NR	NR	S	NTR
FANCA	S	NR	NR	NR	S	NR	NTR
FANCB	NR	S	S	NR	NR	NR	NTR
FANCD2	NR	G2/M	S	NR	NR	NR	NTR
FANCE	G1/S	NR	G1/S	G1/S	NR	NR	NTR
FANCG	S	NR	S	NR	G1/S	S	NTR
FANCI	G2	NR	S	NR	NR	NR	NTR
FANCL	S	S	NR	NR	NR	S	NTR
FANCM	NR	NR	NR	NR	NR	NR	S
KAT5	NR	NR	NR	NR	NR	NR	G1
MLH1	S	NR	NR	NR	NR	NR	NTR
MRE11A	G2	NR	S	NR	NR	NR	S
MUS81	NR	S	NR	NR	NR	NR	NTR
RAD1	S	NR	G1/S	NR	NR	NR	NTR
RAD50	NR	NR	NR	NR	NR	NR	S
RAD51	G1/S	NR	S	G1/S	S	S	NTR
RAD51C	G2	NR	NR	NR	G2/M	S	NTR
REV1	NR	NR	NR	M/G1	NR	NR	NTR
RPA1	S	NR	NR	NR	NR	S	NTR
USP1	G1/S	NR	S	NR	S	NR	NTR
Nucleotide Excision Repair Pathway
ASF1A	G2	G2/M	G2/M	G2	NR	NR	NTR
ATXN3	NR	NR	NR	G2/M	NR	NR	NTR
CDK7	NR	NR	NR	G2/M	M/G1	NR	NTR
CEBPG	G1	NR	NR	G2	NR	NR	NTR
CRY1	NR	NR	G2	G2	NR	NR	NTR
CUL4A	NR	NR	NR	G2/M	NR	NR	NTR
CUL4B	NR	NR	S	NR	NR	S	NTR
DCLRE1A	G1/S	NR	NR	NR	NR	NR	NTR
ERCC1	G1	NR	NR	NR	NR	NR	NTR
ERCC5	NR	NR	NR	G2/M	NR	NR	NTR
ERCC4	NR	NR	NR	NR	NR	NR	G1, S and M
GADD45A	NR	G1/S	G1/S	NR	G2/M	NR	NTR
GTF2H1	NR	NR	NR	M/G1	NR	NR	NTR
GTF2H2	NR	NR	NR	NR	NR	NR	G1
GTF2H3	NR	NR	NR	NR	NR	NR	G1
GTF2H5	NR	G1/S	NR	NR	NR	NR	NTR
HMGB1	S	NR	NR	NR	NR	NR	NTR
HTATIP2	M/G1	NR	NR	NR	NR	NR	NTR
RPA1	S	NR	NR	NR	NR	S	NTR
RPA3	G2	NR	NR	ND	NR	S	NTR
PCNA	S	NR	G1/S	G1/S	G1/S	S	NTR
POLA1	S	S	S	ND	NR	NR	S
POLD1	S	NR	S	NR	NR	NR	NTR
POLD3	S	S	G1/S	G1/S	G1/S	NR	NTR
POLE	S	NR	NR	G1/S	NR	NR	NTR
POLE2	G1/S	G1/S	G1/S	G1/S	NR	NR	NTR
POLK	NR	NR	NR	NR	NR	NR	S
RFC4	G1/S	G1/S	G1/S	G1/S	S	S	NTR
RFC5	G1/S	NR	G1/S	NR	NR	NR	NTR
RECQL	NR	NR	NR	NR	NR	G1	G1, S and M
LIG1	S	NR	S	NR	NR	S	NTR
XRCC5	NR	NR	NR	NR	NR	NR	G1
Homologous Recombination Pathway
BCCIP	NR	NR	M/G1	NR	NR	NR	NTR
BLM	S	S	S	G1/S	NR	NR	NTR
BRCA1	S	S	S	NR	S	NR	NTR
BRCA2	G2	NR	NR	NR	NR	NR	NTR
ESCO2	NR	NR	S	NR	NR	NR	G1 and S
EXO1	G1/S	S	S	G1/S	S	S	NTR
FANCM	NR	NR	NR	NR	NR	NR	S
FEN1	G1/S	G1/S	S	G1/S	S	NR	NTR
H2AFX	M/G1	NR	G2	G2/M	G2	NR	NTR
MATR3	NR	NR	M/G1	M/G1	NR	M	NTR
MRE11A	G2	NR	S	NR	NR	NR	S
MUS81	NR	S	NR	NR	NR	NR	NTR
NBN	G1/S	NR	NR	NR	NR	G1	NTR
POLD1	S	NR	S	NR	NR	NR	NTR
POLD3	S	S	G1/S	G1/S	G1/S	NR	NTR
POLH	NR	NR	NR	NR	NR	NR	M
PRPF19	NR	G1/S	NR	NR	NR	NR	NTR
RAD9A	NR	NR	G1/S	NR	NR	NR	NTR
RAD21	M/G1	NR	NR	NR	M/G1	M	NTR
RAD51	G1/S	NR	S	G1/S	S	NR	NTR
RAD51C	G2	NR	NR	NR	G2/M	NR	NTR
RAD54B	G1/S	NR	G1/S	NR	NR	S	NTR
RAD54L	S	NR	S	NR	NR	S	NTR
RPA1	S	NR	NR	NR	NR	S	NTR
RPA3	G2	NR	NR	ND	NR	S	NTR
SMC3	NR	NR	NR	NR	NR	NR	G1 and S
SMC5	G1	NR	NR	NR	NR	NR	NTR
SMC1A	G1/S	NR	NR	NR	NR	NR	NTR
TDP1	G1/S	NR	NR	NR	NR	NR	NTR
UBE2V1	NR	NR	NR	NR	NR	NR	G1, S and M
XRCC2	S	NR	NR	NR	NR	M	NTR
XRCC3	NR	G1/S	NR	NR	NR	M	NTR
Non-homologous end-joining
ABL1	G1	G1/S	NR	NR	NR	NR	NTR
CHAF1A	G1/S	NR	G1/S	G1/S	G1/S	NR	NTR
CHAF1B	G1/S	G1/S	G1/S	G1/S	G1/S	S	NTR
DCLRE1C	NR	NR	NR	G2	NR	M	NTR
H2AFX	M/G1	NR	G2	G2/M	G2	NR	NTR
HMGB1	S	NR	NR	NR	NR	NR	NTR
HMGB2	S	NR	G2	G2	NR	S, G1 and M	NTR
KAT5	NR	NR	NR	NR	NR	NR	G1
LIG4	NR	NR	NR	NR	NR	G1	S
MRE11A	G2	NR	S	NR	NR	NR	S
PRKDC	NR	G1/S	NR	NR	NR	G1	G1
PRPF19	NR	G1/S	NR	NR	NR	NR	NTR
PTTG1	M/G1	M/G1	M/G1	M/G1	M/G1	NR	NTR
RBM14	G1	G1/S	G1/S	NR	NR	NR	NTR
RECQL	NR	NR	NR	NR	NR	G1	G1, S and M
SFPQ	G1	NR	NR	G2/M	G2/M	NR	NTR
SMC3	NR	NR	NR	NR	NR	NR	G1 and S
XRCC5	NR	NR	NR	NR	NR	NR	G1
Direct reversal
ALKBH2	NR	NR	M/G1	NR	NR	S	NTR
Checkpoint proteins
CHEK1	G1/S	NR	NR	G1/S	NR	NR	NTR
CHEK2	S	NR	NR	NR	NR	S	NTR
CLSPN	NR	NR	NR	NR	NR	NR	G1 and S
Other Pathways
BTG2	NR	G2/M	NR	NR	NR	NR	Down G1
HEATR1	NR	NR	M/G1	NR	NR	NR	G1 and S
KIN	G1	NR	NR	NR	NR	NR	S
NUDT11	G1	NR	NR	NR	NR	NR	NTR
NUDT13	M/G1	NR	NR	NR	NR	NR	NTR
NUDT18	NR	NR	G1/S	NR	NR	S	M
NUDT19	NR	NR	NR	M/G1	NR	NR	NTR
PAPD7	NR	G2	NR	NR	NR	NR	Down S
PSMC6	NR	NR	NR	G2/M	NR	NR	NTR
PSMG1	G1/S	NR	NR	NR	NR	NR	NTR
PTTG1IP	NR	NR	S	NR	NR	NR	NTR
TOP2A	G2	G2	G2	G2	G2	NR	NTR
TOPBP1	G1/S	G1/S	S	NR	G1/S	S	NTR
TP53RK	NR	NR	NR	M/G1	NR	NR	NTR
TP53TG5	NR	NR	NR	S	NR	NR	NTR
TREX1	G2	NR	NR	NR	G1/S	G1, S	NTR
TYMS	G2	G2	NR	S	S	S	NTR
UBE2A	NR	S	S	NR	NR	G1, S	NTR
UBE2B	NR	NR	NR	G2/M	NR	NR	NTR
UBE2N	G1	M/G1	NR	NR	NR	NR	NTR
UHRF1BP1L	G1	NR	NR	NR	NR	NR	NTR
UPF1	NR	G1/S	G1/S	NR	NR	NR	NTR
VCP	G1	NR	NR	NR	NR	NR	NTR
VCPIP1	NR	NR	S	NR	NR	NR	NTR
WRNIP1	NR	NR	G2/M	NR	NR	NR	NTR